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Crenarchaeota


Il Crenarchaeota ( Crenarchaeota ), chiamato anche eocitos , 1 sulfobacterias 2 o crenotas 3 sono un phylum di archeobatteri . Inizialmente si pensava che comprendeva solo i corpi ipertermofili spesso quimiosintetizadores dipendente di zolfo . Tuttavia, studi recenti hanno identificato come il archeobatteri più abbondante nel ecosistema marino . 4 Crenarchaeota è uno dei due gruppi principali di archeobatteri e originariamente era separata dall’altra gruppo ( Euryarchaeota ) sulla base delle sequenze di rRNA . Questa divisione è stata sostenuta da alcune caratteristiche fisiologiche, come la mancanza di istoni . (Tuttavia, si è trovato che un qualche tipo di Crenarchaeota ha istoni ). 5

Si è trovato che a differenza di altri gruppi di organismi, Crenarchaeota ha un macchinario divisione cellulare unico. 6

Classificazione

Possiamo distinguere due gruppi Crenarchaeota:

Ipertermofili

Questo gruppo (ordini Thermoproteales , Sulfolobales , Desulfurococcales e Caldisphaerales ) comprende specie con temperature più alta crescita di qualsiasi organismo conosciuto. crescita ottimale è compreso tra 75 e 105 ° C, mentre la temperatura massima crescita di crescere Pyrolobus è alto come 113 ° C. La maggior parte di queste specie non possono crescere sotto i 70 ° C, ma può sopravvivere per lunghi periodi a basse temperature. Alcune specie sono acidofile con un pH ottimale tra 1,5 e 4 e pH 7 in uno stampo, mentre altri sono neutrofili o leggermente acidofile, che crescono in modo ottimale a pH 5.5-7.5. Si trovano in habitat come le molle interne vulcaniche calde e idrotermali nel fondo dell’oceano, un superficiale o profondo.

Modalità metabolici sono diversi, che vanno da quimioorganotrofos a chemolithotrophs . Chemolithotrophs aerobica ottenere energia dalla ossidazione di vari composti di zolfo, idrogeno o ferro ferroso, mentre chemolithotrophs anaerobi riducono zolfo, tiosolfato o producono nitrati, solfuro di idrogeno o ammoniaca. I quimioorganotrofos crescono su substrati organici complessi, zuccheri, aminoacidi o polimeri. Diverse specie sono produttori primari utilizzano biossido di carbonio come l’ unica fonte di carbonio e di energia ottenendo dall’ossidazione di sostanze inorganiche come zolfo o idrogeno, o riduzione dello zolfo o nitrato.

Una delle specie più conosciute della Crenarchaeota è la solfataricus Sulfolobus . Questo microrganismo è stato originariamente isolato da campioni prelevati da sorgenti geotermiche zolfo in Italia e in crescita a 80 ° C ed un pH di 2-4. 7 Da allora hanno trovato specie dello stesso genere in tutto il mondo. A differenza della stragrande maggioranza dei termofila coltivato, questa specie possono crescere in condizioni aerobiche e l’utilizzo di fonti organiche di energia come lo zucchero. Questi fattori consentono di coltivazione è molto più facile che gli organismi anaerobici e hanno portato Sulfolobus diventare un organismo modello per lo studio di ipertermofili e un grande gruppo di virus che si sviluppano al loro interno.

Mesofili e psicrofili

analisi ambientali recenti basate su sequenze rRNA indicano che Crenarchaeota anche ampiamente distribuito in bassa – ambienti con temperature come il suolo, sedimenti, acque dolci e oceani. 8 , 9Anche se nessuno è stato coltivato, ottenendo ambiente (insieme ai dati genomici) suggerisce che gli organismi sono mesofili o psicrofili . Questo grande gruppo di archeobatteri termofili sembra a derivare da antenati che hanno invaso diversi habitat a bassa temperatura.

Forse la cosa più sorprendente è la loro elevata relativa abbondanza nelle acque di superficie inverno in Antartide (-1,8 ° C), dove raggiungono coprire il 20% del totale rRNA microbica. test simili in acque temperate al largo della costa della California, dimostrano che questi organismi tendono ad essere il più abbondante a profondità inferiori a 100 m. In base a queste misure, si sembra che questi organismi sono abbondanti nel mare e sarebbe uno dei principali collaboratori di fissazione del carbonio . Questo, combinato con il fatto che le sequenze rRNA trovano in ogni habitat Crenarchaeota bassa temperatura che sono state cercate, suggerisce che può essere distribuita e svolgono un ruolo importante nella biosfera a livello globale. 10

Cladogram

La filogenesi del 16S rRNA dà il seguente risultato 11 (il gruppo è citazioni parafiletici):

Collegamenti esterni

  • Wikispecies ha un articolo su Crenarchaeota .
  • Crenarchaeota presso l’Albero della Vita
  • Crenarchaeota presso l’Università del Wisconsin sito Microbiologia virtuale.
  • Pagina tassonomia NCBI per Crenarchaeota
  • Pagina LSPn per Crenarchaeota

Riferimenti

  1. Torna alla cima↑ Lago et al 1984, Eocytes: una nuova struttura dei ribosomi Indica un regno con un rapporto vicino al eucarioti PNAS 1 Giugno 1984 vol. 81 n. 12
  2. Torna a inizio pagina↑ ‘Subphylum Sulfobacteria ” . Estratto 13 Aprile 2008 .
  3. Torna a inizio pagina↑ CR Woese, Kandler e ML Wheelis O. 1990, “Verso un sistema naturale di organismi: Proposta per i domini” Proc. Nati. Acad. Sci. USA Vol. 87, pp. 4576-4579, giugno 1990
  4. Torna alla cima↑ Madigan M; Martinko J (editori). (2005). Brock Biologia dei Microrganismi (edizione 11). Prentice Hall. ISBN 0-13-144329-1 .
  5. Torna a inizio pagina↑ Cubonova L, K Sandman, SJ Hallam, EF Delong, Reeve JN (2005). “Gli istoni in crenarchaea”. Journal of Batteriologia 187 (15): 5482-5485. PMID 16.030.242 .
  6. Torna a inizio pagina↑ Ann-Christin Lindås et al 2008 Una divisione cellulare unico nel Archaea macchinari vol PNAS. 105 n. 48 18942-18946
  7. Torna alla cima↑ Zillig W, KO Stetter, Wunderl S, W Schulz, Priess H, Scholz I (1980). “La Sulfolobus-” Caldariellard “gruppo: Taxonomy sulla base della struttura della RNA polimerasi DNA-dipendente.” Arch. Microbiol. 125 : 259-269. doi : 10.1007 / BF00446886 .
  8. Torna alla cima↑ DeLong EF (1992). “Archaea in ambienti marini costieri.” Proc Natl Acad Sci USA 89 (12): 5685-9. PMID 1608980 documento .
  9. Torna alla cima↑ Fuhrman JA, McCallum K, Davis AA (1993). “Diversità filogenetica delle marine Comunità sottosuolo microbiche dalla oceani Atlantico e Pacifico.” Appl Environ Microbiol 59 (5): 1294-302. PMID 7.685.997 .
  10. Torna alla cima↑ Barns SM, CF Delwiche, Palmer JD, Pace NR (1996). “Prospettive sulla diversità archeali, termofilia e monofilia da sequenze rRNA ambientali.” Proc Natl Acad Sci USA 93 (17): 9188-93. PMID 8.799.176 .
  11. Torna alla cima↑ Il All-Specie viventi Albero (uscita LTPs111)

Methanothermococcus


In tassonomia , Methanothermococcus è un genere di Methanococcaceae . 1 Le cellule sono a forma di noce di cocco irregolare e tinture per capelli Gram-negativi . Sono gruppi mobili di flagelli polari. È necessario acetato di crescere. 2

Riferimenti

  1. Torna in alto↑ NCBI pagina web su Methanothermococcus . Dati tratti da “risorse tassonomia NCBI” . National Center for Biotechnology Information . Estratto 19 marzo, 2007 .
  2. Torna in alto↑ David R. Boone; Richard W. Castenholz, eds. (13 gennaio 2012). Manuale Bergey di Batteriologia sistematica 1 (2 ° edizione). Springer Science & Business Media. p. 242. ISBN  038721609X . URL consultato il 4 settembre 2016 .

Thorarchaeota

Thorarchaeota è un bordo candidato del archaea di recente una proposta da campioni genomici ottenuti dai sedimenti in estuari e ambienti marini.
Gli estuari sono ecologicamente ricchi ambienti contenenti comunità microbiche di grande importanza nel riciclaggio dei nutrienti. Sebbene il ruolo ecologico di questi archeobatteri è noto, dal genoma è stato determinato per essere in grado di Acetogenesi e riduzione di zolfo . Pertanto, essi potrebbero produrre acetato dalla degradazione delle proteine e hanno un ruolo nel riciclaggio di zolfo.

Studi molecolari hanno determinato che sono sufficientemente differenti da altri archeobatteri per formare un nuovo bordo supergruppo Proteoarchaeota , ma vicino alla Lokiarchaeota . 2 Il termine deriva dal personaggio mitologico Thorarchaeota Thor , coerente Lokiarchaeota suo clade fratello, ispirato dagli dei norvegesi e formando il superphylum Asgard .

Riferimenti

  1. Torna alla cima↑ Laura A. Abbraccio et al 2016 Una nuova visione dell’albero della vita. DOI: 10.1038 / NMICROBIOL.2016.48
  2. Torna alla cima↑ Seitz, KW, Lazar, CS, Hinrichs, KU, Teske, AP, e Baker, BJ (2016). Genomica ricostruzione di un romanzo, profondamente ramificata phylum archeali Con percorsi di sedimenti per Acetogenesi e la riduzione dello zolfo . L’ISME Journal.

Thermoplasmatales

In tassonomia , i Thermoplasmatales sono un ordine in classe Thermoplasmata . 1 Tutti sono acidophilus , che crescono in modo ottimale ad un pH inferiore a 2. Picrophilus sta più acidofile di tutti gli organismi noti, crescendo ad un pH minimo di 0,06. 2 Molti di questi organismi non hanno una parete cellulare, anche se questo non è vero per Picrophilus. La maggior parte dei membri del Thermotoplasmata sono termofili .

Filogenesi

La tassonomia accettato oggi si basa sulla lista dei nomi Prokaryotic con in piedi nell’ambito della nomenclatura (LPSN) 3 e National Center for Biotechnology Information (NCBI) 4 e filogenesi sulla base di 16S rRNA – basato LTP rilasciare 106 da ‘The All-Species Living Tree ‘Progetto . 5

Note:
♠ Ceppi trovato il National Center for Biotechnology Information (NCBI), ma non elencati nella lista dei nomi Prokaryotic con in piedi di nomenclatura (LPSN).

Riferimenti

  1. Torna alla cima↑ Vedere la NCBI pagina web su Thermoplasmatales . I dati provenienti dal “risorse tassonomia NCBI” . National Center for Biotechnology Information . Estratto 19 marzo, 2007 .
  2. Torna alla cima↑ Life in the Universe: aspettative e vincoli
  3. Torna a inizio pagina↑ JP Euzéby. “Thermoplasmataceae” . Lista dei nomi Prokaryotic con in piedi nell’ambito della nomenclatura (LPSN) [1] . Estratto 17 Novembre 2011 .
  4. Torna a inizio pagina↑ Sayers. “Thermoplasmataceae” . National Center for Biotechnology Information (NCBI) Database tassonomia [2] . Consultato il 5 giugno 2011 .
  5. Torna a inizio pagina↑ All-Specie Living Tree Project . “16S rRNA-based LTP rilasciare 106 (albero pieno)” . RNA ribosomiale Silva database completo [3] . Estratto 17 Novembre 2011 .
  • Madigan, MT; Martinko, JM (2005). Brock Biologia dei Microrganismi (edizione 11). Pearson Prentice Hall.

Thermoplasmataceae

Nella tassonomia , la Thermoplasmataceae sono una famiglia all’interno Thermoplasmatales . 1 contiene un solo genere, Thermoplasma . Tutte le specie sono termoacidófilas , e crescono ad una temperatura di 60 ° C e pH 2. Essi sono isolati dalle bocche idrotermali , fumarole e altri ambienti. 2

Riferimenti

  1. Torna a inizio pagina↑ NCBI pagina web su Thermoplasmataceae . Dati tratti da “risorse tassonomia NCBI” . National Center for Biotechnology Information . Estratto 19 marzo, 2007 .
  2. Torna alla top↑ Anna-Louise Reysenbach; Kristen Brileya (19 ottobre 2014). ” ” La famiglia Thermoplasmataceae ” » . Il Procarioti 3 . Springer Science & Business Media. p. 240. ISBN  0.387.254,935 mila . Accessed 1 novembre, 2016 .

Thermoplasma acidophilum

Thermoplasma acidophilum è una sorta di arco , la specie tipo del suo genere. 1 T. acidophilum è stato isolato da una pila di residui di carbone autocalentado, ad un pH di 2 e 59 ° C. Il suo genoma è stato sequenziato. 2

Ha molte flagelli e cresce ad una temperatura ottimale di 56 ° C e pH 1,8. Le loro cellule sono circa 1 micron di diametro. T. acidophilum senza parete cellulare e membrana plasmatica è esposto direttamente all’ambiente, anche ha diverse forme cellulari, a seconda della loro fase di crescita e fattori ambientali.

Il genoma completo di Thermoplasma acidophilum è stato sequenziato. E ‘a soli 1565 kb di dimensione. 3

Riferimenti

  1. Torna alla cima↑ Darland (G.), Brock (TD), SAMSONOFF (W.) e Conti (SF): A termofila, micoplasma acidofile isolato da un carbone rifiutare mucchio. Science (Washington) 1970, 170, 1416-1418.
  2. Torna a inizio pagina↑ Ruepp, Andreas, et al. “La sequenza del genoma del Thermoplasma acidophilum scavenger thermoacidophilic.” Natura 407.6803 (2000): 508-513.
  3. Torna a inizio pagina↑ Stanley Falkow; Eugene Rosenberg; Karl-Heinz Schleifer et al. , Eds. (10 ottobre 2006). Il Procarioti 3 . Springer Science & Business Media. p. 109. ISBN 0.387.254,935 mila . Letta 9 ottobre, 2016 .

Thermococcus stetteri

Thermococcus stetteri è una sorta di arco marina che è estremamente termofili e metabolizza lo zolfo . È anaerobica , e le loro cellule hanno irregolare diametro coco forma di 1 a 2 micron . I ceppi isolati dai primi due erano mobili gruppi di flagelli , e due non erano mobile. 1 Il ceppo tipo è K-3 (DSM 5262). Può crescere in amido , pectine e peptidi ma non aminoacidi . 2

Riferimenti

  1. Torna a inizio pagina↑ Miroshnichenko, ML; Bonch-Osmolovskaya, EA; Neuner, A.; Kostrikina, NA; Chernych, NA; Alekseev, VA (1989). “Thermococcus stetteri sp. novembre, un nuovo estremamente termofili tenore di zolfo-metabolizzare archeobatterio. ” Sistematica e Microbiologia Applicata 12 (3): 257-262. doi : 10.1016 / S0723-2020 (89) 80.071-2 . ISSN  0723-2020 .
  2. Torna a inizio pagina↑ Stanley Falkow; Eugene Rosenberg; Karl-Heinz Schleifer et al. , Eds. (10 ottobre 2006). Il Procarioti 3 . Springer Science & Business Media. p. 73. ISBN 0.387.254,935 mila . Estratto 5 Ottobre 2016 .

Thermococcus profondo delle

Thermococcus profondo delle è una sorta di arco ipertermofilo isolato da un fonte idrotermale nella fossa di Okinawa . 1 Le loro cellule hanno forme coccoidi con diametro di 1-2 micron . ceppo DT5432 è designato. 2

Un amilasi è stato isolato da Thermococcus profundus DT5432 ceppo può operare ad una temperatura ottimale di 80 ° C. Gli scienziati estratti ipotizzato che potrebbe avere applicazioni nell’industria dell’amido a causa della loro tolleranza al calore e l’indipendenza dei ioni metallici . 3

Riferimenti

  1. Torna alla cima↑ Tulasi Satyanarayana; Jennifer Littlechild; Yutaka Kawarabayasi, eds. (25 marzo 2013). I microbi termofili in Ambientale e Biotecnologie Industriali . Springer Science e Business Media. p. 29. ISBN  9.400.758,995 mila . Estratto 3 ottobre 2016 .
  2. Torna a inizio pagina↑ Kobayashi, Tetsuo; Kwak, Yi Seong; Akiba, Teruhiko; Kudo, Toshiaki; Horikoshi, Koki (1994). “Thermococcus profondo delle sp. novembre, un nuovo ipertermofilo archaeon isolato da Deep-sea idrotermale Vent “. Sistematica e Microbiologia Applicata 17 (2): 232-236. doi : 10.1016 / S0723-2020 (11) 80.013-5 . ISSN  0723-2020 .
  3. Torna a inizio pagina↑ YC Chung; T. Kobayashi; H. Kanai; T. Akiba; T. Kudo (aprile 1995). “Purificazione e proprietà di extracellulare amilasi dalla ipertermofilo archaeon Thermococcus profondo delle DT5432” . Appl Environ Microbiol 61 (4): 1502-1506 . Estratto 3 ottobre 2016 .

Thermococcus peptonophilus

Thermococcus peptonophilus è un arco ipertermofilo capace di una crescita molto rapida. È rigorosamente anaerobica , e le loro cellule hanno forma cocco con diametro di circa 0,7 a 2 micron . 1 può solo crescere su substrati complessi come peptone , caseina , triptone o estratto di lievito . Non è possibile utilizzare il biossido di carbonio come fonte di carbonio. Anche se può crescere un pocoassenza di zolfo elementare preferito. 2

Riferimenti

  1. Torna a inizio pagina↑ González, Juan M.; Kato, C.; Horikoshi, Koki (1995). “Sp Peptonophilus Thermococcus. novembre, una rapida crescita, archeobatterio estremamente termofili isolati da sorgenti idrotermali d’altura “. Archives of Microbiology 164 (3): 159-164. doi : 10.1007 / s002030050249 . ISSN  0302-8933 .
  2. Torna alla cima↑ K. Horikoshi; K. Tsujii (16 dicembre 2012). Estremofili in alto mare ambienti . Springer Science & Business Media. p. 119. ISBN  4.431.679,251 mila . Estratto 1 ottobre 2016 .

Thermococcus hydrothermalis

Thermococcus hydrothermalis è una sorta di arco ipertermofilo . È rigorosamente anaerobica , e le loro cellule hanno forma cocco con diametro di 0,8 a 2 micron . Il suo tipo di ceppo è AL662 T . 1 è stato isolato da una fonte idrotermale nel Pacifico Orientale . 2 Questa specie è notevole per la sua α- glucosidasi , che è in grado di operare ad una temperatura ottimale di 110 ° C. 2

Riferimenti

  1. Torna alla cima↑ Godfroy, A.; Lesongeur, F.; Raguenes, G.; Querellou, J.; Antoine, E.; Meunier, J.-R.; Guezennec, J.; Barbier, G. (1997). “Sp Hydrothermalis Thermococcus. novembre, un nuovo ipertermofilo archaeon isolato da Deep-Sea idrotermale Vent “. International Journal di Batteriologia sistematica 47 (3): 622-626. doi : 10,1099 / 00207713-47-3-622 . ISSN  0020-7713 .
  2. ↑ Vai a:un b . Legin E; Barbier G.; Duchiron F. (1 gennaio , 1997) , . “Termostabile α-glucosidasi dal archaeon ipertermofilo Thermococcus hydrothermalis” . Microrganismi marini per l’industria . p. 83. ISBN  2.905.434,945 mila . Estratto 29 settembre 2016 .

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